Вера Мутафчиева е родена на 28 март 1929 г. в София в семейството на акад. Петър Мутафчиев и Надя Мутафчиева. През 1951 г. завършва история в Софийския държавен университет. Асистент е в Ориенталския отдел на Народната библиотека “Св. св. Кирил и Методий” (1950 – 1955), аспирант по османска история в Института за история към БАН (1955 – 1958). През 1958 г. защитава дисертация “Феодалната рента в Османската империя, XV-XVI век” за научна степен кандидат на историческите науки. Тя има специалност по османистика и социално-икономическа история на България по време на Османската империя, академик на БАН (2004), доктор на историческите науки (1978), ст. н.с. I ст. (1980), с десетки научни публикации в България и чужбина.
От 1961 г. публикува художествена проза – романи, повести, есета на историческа и съвременна тематика. Историческите й романи са многократно преиздавани в България, преведени са на над 10 езика и са удостоени с множество български и международни награди. Автор е на сценария на най-гледания български филм “Хан Аспарух” (1981). Носителка е на орден “Стара планина” I степен (1999), първи носител на държавната награда “Паисий Хилендарски” (2000).
Някои от по-известните й художествени произведения са: “Летопис на смутното време” (1965 – 1966), “Случаят Джем” (1967) – е и най-превежданият – на 13 езика, “Последните Шишмановци” (1969), “Процесът 1873” (1972). Има сборници с есета: “И Клио е муза” (1969), “Белия свят” (1987), “Реакции” (1995), “И страшно е, майко, и весело” (1997) и др.
Автор е на мемоарите: “Разгадавайки баща си” (1997), “Семейна сага” (2000), “Бивалици”, кн. 1,2,3 (2000, 2001, 2003, “Не/Бивалици” (2005).
Тя почива на 9 юни 2009 г. По нейно изрично желание е кремирана, а прахът й е разпръснат над Егейско море.
